Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,651,665 | 0 | G | T | 88.7% | 1101.9 / 136.3 | 383 | G210G (GGC→GGA) | hscA | DnaK‑like molecular chaperone specific for IscU |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/19); new base T (198/142); total (222/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.40e-01 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
CTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACGCTGGGCAT > CP009273/2651519‑2651810 | cTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCTATTGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTcc < 1:1990372/149‑1 (MQ=255) cTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTcc > 1:937777/1‑149 (MQ=255) aCGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCAc < 2:626877/149‑1 (MQ=255) gATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCg 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ttAATCCGCCAGAATATGGTCTAAATCATCGCCGCCGTGGGGGTAATCACCGCCGGTTGCCAGCAATACAAACACGCCGGGAATTAAGCGCATAATGTAAATAACAAACGTCCCTCCACCGTGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCt < 1:531398/148‑1 (MQ=255) gTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCt < 2:1896882/149‑1 (MQ=255) aTCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGAc > 2:2797172/1‑149 (MQ=255) cagcagATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAAt < 1:3727555/149‑1 (MQ=255) cagcagATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAAt > 2:4975070/1‑149 (MQ=255) 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tatCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGa > 2:2557412/1‑149 (MQ=255) atCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGAc < 2:678325/149‑1 (MQ=255) atCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGAc < 1:2964847/149‑1 (MQ=255) atCAAACGTCCCTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCAGACCGGAATCCATCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGACGGTTCGATAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGAc > 1:2466140/1‑149 (MQ=255) tCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACg > 2:1290145/1‑149 (MQ=255) 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cccTCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACGCTGGGCAt > 1:2438725/1‑149 (MQ=255) | CTACGATCAGGAATGCCCGCCTGCTCGCGAATGTAATCCGCCAGCAGATGGTCGAAATCATCGCCGCCGAGCGCGGAATCACCGCCGGTTGCCAGCACTTCAAACACGCCGCGACTTAAGCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACGCTGGGCAT > CP009273/2651519‑2651810 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |