Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,767,403 | G→A | 6.3% | D243N (GAT→AAT) | yfjW → | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,767,403 | 0 | G | A | 6.3% | 898.0 / 30.9 | 253 | D243N (GAT→AAT) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/94); new base A (5/11); total (148/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AGATTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATACACAGGGTTTAAGTGGTGCTGATATTTATATTGTCTCCGGTTGTTATGCCCTTCCAGATTTACTTCGCAATGTACCGCTTGATGCTAAAAAATCTTTTCTGAATGTAAAAAAGCTAGAAATCACACAGAAACTTCCAATGATGGG > CP009273/2767257‑2767551 | aTTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATac > 1:3250065/1‑149 (MQ=255) ttGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATaca > 1:3421770/1‑149 (MQ=255) ttGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATaca > 1:3543787/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |