| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,185,542 | C→T | 5.5% | intergenic (‑244/‑25) | glgS ← / → yqiJ | motility and biofilm regulator/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,185,542 | 0 | C | T | 5.5% | 1061.6 / 30.9 | 293 | intergenic (‑244/‑25) | glgS/yqiJ | motility and biofilm regulator/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/152); new base T (9/7); total (133/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |