| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,311,854 | G→T | 6.1% | intergenic (‑206/‑142) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,311,854 | 0 | G | T | 6.1% | 1048.3 / 32.8 | 276 | intergenic (‑206/‑142) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/126); new base T (9/9); total (141/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGA > CP009273/3311708‑3312002 | tgtACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCatt < 1:3038214/149‑1 (MQ=255) tgtACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCatt < 2:5203364/149‑1 (MQ=255) gtACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCatta > 1:774453/1‑149 (MQ=255) tACCGAGACTGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCTCATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCATTTCACTTTCATTTGTTGATTACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCattat < 2:150250/149‑1 (MQ=255) ccGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTAttt > 2:1564790/1‑149 (MQ=255) agaCGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTAc < 1:4309084/149‑1 (MQ=255) gggACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACaaaa > 1:1849449/1‑149 (MQ=255) gggACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATGTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCAGTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTACGCGCATTATTTTACaaaa > 2:3329434/1‑149 (MQ=255) aCGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAac < 1:4251245/149‑1 (MQ=255) cGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCGACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATTTGCAGTTCACTTTAATTTGTTGAATACTTTTGCCTTATCCTGCTATACCTTAAGCTCATTATTTTACAAAAAaca < 1:4890364/149‑1 (MQ=255) tAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAacaca > 1:3523540/1‑149 (MQ=255) aaTCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTa < 1:4079248/149‑1 (MQ=255) aTCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCTCATTATTTTACAAAAAACACACTaa > 2:2382819/1‑149 (MQ=255) tCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGACACATTTTTTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTaaa < 1:2915176/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAAc > 2:694214/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAAc < 2:314133/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAAc > 2:4062032/1‑149 (MQ=255) gCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAActc < 2:3505400/149‑1 (MQ=255) 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aGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTcc < 1:179268/149‑1 (MQ=255) gTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCg > 1:441032/1‑149 (MQ=255) gATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGAt < 1:2166357/149‑1 (MQ=255) gATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCATGTCTCCGAt > 2:4296289/1‑149 (MQ=255) aTCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATa > 2:1017681/1‑149 (MQ=255) 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gaatATCCAGTTCACTTTCATTTCTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCa < 2:4463628/149‑1 (MQ=255) aatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAg < 1:322514/149‑1 (MQ=255) atatCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGt < 2:468343/149‑1 (MQ=255) tatCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTg > 2:4847262/1‑149 (MQ=255) tatCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTg > 1:578258/1‑149 (MQ=255) 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gttgAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtca > 1:3362513/1‑149 (MQ=255) aTACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatcatc < 2:2075643/149‑1 (MQ=255) aCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAg < 2:4128252/149‑1 (MQ=255) ttttGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGtt < 2:3467918/149‑1 (MQ=255) ttGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGttaa > 1:1592278/1‑149 (MQ=255) gCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGttaatt > 1:3697218/1‑149 (MQ=255) tctcCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGc < 1:283453/149‑1 (MQ=255) tctcCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGtt > 1:4420141/1‑149 (MQ=255) cccTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTAtt < 2:2507997/149‑1 (MQ=255) tAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTAt < 2:119532/149‑1 (MQ=255) aaGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATg > 2:554346/1‑149 (MQ=255) aGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATga > 1:4601803/1‑149 (MQ=255) | GGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGA > CP009273/3311708‑3312002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |