| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,622,519 | C→A | 54.7% | R127L (CGA→CTA) | rbbA ← | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,622,519 | 0 | C | A | 54.7% | 2.8 / inf | 345 | R127L (CGA→CTA) | rbbA | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/80); new base A (96/93); total (172/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CGTTGTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGG > CP009273/3622371‑3622664 | gttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCAc > 1:4684984/1‑149 (MQ=255) ttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACt < 2:879274/149‑1 (MQ=255) ttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACt > 2:2165234/1‑149 (MQ=255) ttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACt > 1:4138661/1‑149 (MQ=255) tgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACtt < 2:3568357/149‑1 (MQ=255) cTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTccc < 1:2711926/149‑1 (MQ=255) catcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgc > 1:3050639/1‑149 (MQ=255) caAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctcc < 2:3085679/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |