Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,635,421 | C→T | 10.5% | G400G (GGC→GGT) | dtpB → | dipeptide and tripeptide permease B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,635,421 | 0 | C | T | 10.5% | 1047.1 / 81.6 | 324 | G400G (GGC→GGT) | dtpB | dipeptide and tripeptide permease B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/147); new base T (17/17); total (160/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TCGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGA > CP009273/3635273‑3635569 | tcGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGc < 1:2170851/149‑1 (MQ=255) ggCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCt > 1:4827143/1‑149 (MQ=255) ggCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCt > 1:1579805/1‑149 (MQ=255) gCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGTCTg > 2:1937369/1‑149 (MQ=255) gCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTg < 2:1408228/149‑1 (MQ=255) gTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCga < 2:2551529/149‑1 (MQ=255) tttATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCgat > 1:4322072/1‑149 (MQ=255) tttATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCgat > 2:1786523/1‑149 (MQ=255) 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tgtgCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGAtt > 1:152490/1‑149 (MQ=255) tgCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATtgc > 2:307384/1‑149 (MQ=255) tgCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATtgc < 1:5002792/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGccc < 2:57000/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGccc < 2:450003/149‑1 (MQ=255) 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tttttGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGcc > 2:2198903/1‑149 (MQ=255) ttGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCgca < 2:2254481/149‑1 (MQ=255) cggcggCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCAt > 1:5240237/1‑149 (MQ=255) cggcggCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCAt < 2:3690519/149‑1 (MQ=255) ggcggcAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGTTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCAtt < 2:1120408/149‑1 (MQ=255) ggcggcAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCAtt < 2:439282/149‑1 (MQ=255) gcAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGAt > 2:3606660/1‑149 (MQ=255) gcAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGAt > 2:3531462/1‑149 (MQ=255) cAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATg < 1:1793717/149‑1 (MQ=255) aGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATgg > 1:1177490/1‑149 (MQ=255) 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ttCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACAtt < 2:3759334/149‑1 (MQ=255) cAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTAc > 2:2219728/1‑149 (MQ=255) cAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTAc > 1:612952/1‑149 (MQ=255) cAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTAc > 1:4939861/1‑149 (MQ=255) agagCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTAcc < 2:4249090/149‑1 (MQ=255) 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aaCTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGac > 1:236080/1‑149 (MQ=255) tGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGacaac > 2:4107609/1‑149 (MQ=255) gTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGacaaca > 1:871753/1‑149 (MQ=255) tttATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACAt > 1:2992706/1‑149 (MQ=255) ttattaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACAtt < 2:267093/149‑1 (MQ=255) 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ccTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTgaga < 1:4701913/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTgaga > 2:3051194/1‑149 (MQ=255) | TCGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGA > CP009273/3635273‑3635569 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |