Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,919,832 | T→A | 11.8% | intergenic (‑17/+73) | mioC ← / ← asnC | FMN‑binding protein MioC/transcriptional activator of asnA; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP009273 | 3,919,832 | 0 | T | A | 11.8% | 1118.8 / 115.4 | 338 | intergenic (‑17/+73) | mioC/asnC | FMN‑binding protein MioC/transcriptional activator of asnA; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (130/168); new base A (17/23); total (147/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
TAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGT > CP009273/3919684‑3919979 | tAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCGCCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt > 1:2790970/1‑149 (MQ=255) tAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt < 1:1015267/149‑1 (MQ=255) tAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt < 2:3294175/149‑1 (MQ=255) tAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt < 1:1870597/149‑1 (MQ=255) aaTCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTaa < 2:2208345/149‑1 (MQ=255) aaTCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTaa < 2:4690183/149‑1 (MQ=255) aTCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAag < 1:4256145/149‑1 (MQ=255) ttctAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGt > 1:377259/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |