| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,181,800 | G→T | 5.8% | S255* (TCG→TAG) | thiG ← | thiamine biosynthesis ThiGH complex subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,181,800 | 0 | G | T | 5.8% | 1503.7 / 44.8 | 389 | S255* (TCG→TAG) | thiG | thiamine biosynthesis ThiGH complex subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (169/197); new base T (9/14); total (178/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
AGGCGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAATCGC > CP009273/4181653‑4181948 | cGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGc < 1:5010058/149‑1 (MQ=255) gATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGcc < 1:2206923/149‑1 (MQ=255) aTAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCt < 2:351153/149‑1 (MQ=255) tAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTc > 2:1321912/1‑149 (MQ=255) aCAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCa > 1:4471767/1‑149 (MQ=255) aCAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCa < 2:3716297/149‑1 (MQ=255) gcCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAAt > 1:5072919/1‑149 (MQ=255) ccATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATc < 1:173074/149‑1 (MQ=255) ccATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATc > 2:3799324/1‑149 (MQ=255) ccATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATc < 2:3902249/149‑1 (MQ=255) tcatGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCgg < 1:2855110/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAg < 2:2484560/149‑1 (MQ=255) tcgtcgCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGc < 1:211288/149‑1 (MQ=255) gtcgCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCgg < 2:4329490/149‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGc < 1:2471139/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCt > 1:2279451/1‑149 (MQ=255) gcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCt < 1:1059491/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCt < 1:2526312/149‑1 (MQ=255) 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aaGGTTTTCATGCCTATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTcc < 2:5002425/149‑1 (MQ=255) aGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCcg > 2:2638609/1‑149 (MQ=255) ttttCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGa > 2:4394314/1‑149 (MQ=255) ttttCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGa < 1:1749602/149‑1 (MQ=255) ttttCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGa < 2:3080736/149‑1 (MQ=255) cATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGc > 2:3828583/1‑149 (MQ=255) aTGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCa > 2:1091604/1‑149 (MQ=255) aTGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCa < 2:2055470/149‑1 (MQ=255) aTGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCa > 1:1024966/1‑149 (MQ=255) tGCCGCTGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCaa < 1:5101140/149‑1 (MQ=255) gCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCTGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAAt > 1:3723592/1‑149 (MQ=255) gATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAATCGc > 2:725936/1‑149 (MQ=255) | AGGCGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAATCGC > CP009273/4181653‑4181948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |