Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,469,550 | G→A | 78.6% | A2T (GCT→ACT) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,469,550 | 0 | G | A | 78.6% | 530.0 / 149.8 | 243 | A2T (GCT→ACT) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/30); new base A (81/110); total (103/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CTCTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAATG > CP009273/4469404‑4469695 | cttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTCTTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCa > 2:1350475/1‑149 (MQ=255) ttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCaa > 2:680277/1‑149 (MQ=255) cttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGt > 1:3715410/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |