Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,470,017 | G→A | 93.3% | M157I (ATG→ATA) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,470,017 | 0 | G | A | 93.3% | 848.7 / 37.8 | 254 | M157I (ATG→ATA) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/11); new base A (108/128); total (114/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTT > CP009273/4469871‑4470161 | ttttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATaggg < 2:137622/149‑1 (MQ=255) tttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGAGTTTAATGGCCATTGGGATAGGGa > 1:4412013/1‑149 (MQ=255) ttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGAc < 1:2640126/149‑1 (MQ=255) cTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGt < 2:1778875/149‑1 (MQ=255) cTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGt < 1:996642/149‑1 (MQ=255) ttATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGtt < 2:4468428/149‑1 (MQ=255) tataTTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGttt > 1:3385901/1‑149 (MQ=255) atTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCt > 2:3298664/1‑149 (MQ=255) aTGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAt < 2:143452/149‑1 (MQ=255) aTGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAt < 2:3996293/149‑1 (MQ=255) tGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAtc > 1:538855/1‑149 (MQ=255) ggCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAtct < 1:545647/149‑1 (MQ=255) gcaAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTACGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCCGTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGAc > 2:2243193/1‑149 (MQ=255) gcaAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGAc > 2:2724975/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |