Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,511,877 | G→A | 52.1% | intergenic (‑40/+67) | yjhF ← / ← yjhG | putative transporter/putative dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,511,877 | 0 | G | A | 52.1% | 20.4 / inf | 284 | intergenic (‑40/+67) | yjhF/yjhG | putative transporter/putative dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/69); new base A (67/81); total (134/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GGCGACAGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAATACAACCGGTCCATGTCCCACC > CP009273/4511730‑4512021 | ggcgaCAGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGa > 1:2064786/1‑149 (MQ=255) gcgaCAGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAAc < 2:2492837/149‑1 (MQ=255) gaCAGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTg > 2:2257372/1‑149 (MQ=255) aCAGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGa < 1:4304936/149‑1 (MQ=255) aGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGc < 2:678093/149‑1 (MQ=255) aGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGc > 1:4473340/1‑149 (MQ=255) aGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGc < 2:573508/149‑1 (MQ=255) aTCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAAt < 2:5145219/149‑1 (MQ=255) 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ggAGTAAATCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCa < 1:962603/149‑1 (MQ=255) aaaGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGtttt < 2:4091951/149‑1 (MQ=255) aGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTa > 1:2549724/1‑149 (MQ=255) gCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTAt < 2:3516495/149‑1 (MQ=255) aTCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCa > 2:4233289/1‑149 (MQ=255) 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aTAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATGTTGTTTACATCATa > 2:4050029/1‑149 (MQ=255) aaCCGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATaaa < 2:3336551/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAAt < 2:4801604/149‑1 (MQ=255) tAGCGACCCATCATTATCCAACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAATACAAcc < 2:1199/149‑1 (MQ=255) gACCCATCATTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAATACAACCGGTc > 2:4773897/1‑149 (MQ=255) 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catTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAATACAACCGGTCCATGTcc < 1:1603953/149‑1 (MQ=255) tATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAATACAACCGGTCCATGTCccac < 1:3600365/149‑1 (MQ=255) | GGCGACAGCAATCGAGACAATAATTAACGAAACAAACGTATTAAGCTTAATTTTTATGGTTAAAAGCAGGAGTAAAGCAATCCCTGCCACAACGATAATTAGTGGCATAACGTCCTCTCATAACAGGGTAGCGACCCATCATTATCCGACTGAGCAAATAACGAATGATGCAGAGTCGGATAATTCAGGTGTCTGGATGTTTTTATTTATGCTTTCAGTTTTTATTCATAAAATCGCGCAAAGCCGCGCCAATTTTGTTTACATCATAAATACAACCGGTCCATGTCCCACC > CP009273/4511730‑4512021 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |