| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 355,982 | A→C | 10.9% | S94R (AGC→CGC) | cynX → | putative cyanate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 355,982 | 0 | A | C | 10.9% | 678.5 / 4.8 | 280 | S94R (AGC→CGC) | cynX | putative cyanate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (165/71); new base C (4/34); total (169/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GGTGGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAA > CP009273/355834‑356129 | gtggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTagcag > 1:2535190/1‑149 (MQ=255) ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAgcg < 2:218475/149‑1 (MQ=255) ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAgcg > 2:256466/1‑149 (MQ=255) gaCCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCAc < 2:928400/148‑1 (MQ=255) ccATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTg > 1:3735158/1‑149 (MQ=255) tGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCtt < 2:3344839/149‑1 (MQ=255) gggggggcTGGCGGTGGCCGTAAGGTGGATTCATCAGCTTGTCAGCGAACGTCGCTGTGTCGCAATCTTTGTGTTGGTGTTTGCGGTCGGTGCTTTGTTGGGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTtg < 2:4417254/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGCGGGCCGGAAGGGGGCTGCATCAGCCTGTCAGCGACGGTGGCTGTGTCGCCATCAGTGTGTTGCTGCTGGCGGTCGGTGATTGGATGGGTGAGCTTTACCCGCAATGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTtggt < 2:3236696/147‑1 (MQ=255) gggcTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTtggtgg > 1:2519813/1‑149 (MQ=255) cgctggcCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGtggggtgggg > 1:766491/1‑149 (MQ=255) cgctggcCGGAAGCTGGCTACATCAGCAGGTCCGCGAACGGCGCTGTGGCGCCATCTGTCTGTTGGTTTTGGCCGTGGGTGAATTGAGGCGTGAGCTTTACCCCCAACGGGCGCTGCTGCTTAGCCGCGCACTGCTTGGtggggtgggg < 2:3983163/149‑1 (MQ=255) ggcCGGACGCGGGCTTCATCAGCTTGTCAGCGACCGTCGCTGTGTCGCCATCAGGCTGTTGCTGATTGCCGTCGGGGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGAAAAGGGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCg < 2:2746593/149‑1 (MQ=255) ggcCGGAAGCTGGCTTCATCAGCTTGTCCGCGAACGTCGCGGTGTCGCCAGCAGTGGGTTGCTGATGGCGGTCGGTGCATTGAGGCGTGCGCTTTACCCGCAAGGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCg < 2:4133720/149‑1 (MQ=255) cgtatgCTGGCTAAAACAGCATGTCAGCCACCGTCGCCGTGTCCCCATCAGTGTGGTGCTTTTTGCGGTGGGGGCATTGATGGGTGAGCTTTCCCCCCAACGGGGGCTGCTTCTTCCCAGCCCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGca < 2:1898189/144‑1 (MQ=255) ggAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGcat > 1:4405640/1‑149 (MQ=255) gAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGcatc > 2:2829165/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGcatcat > 2:3666683/1‑149 (MQ=255) cTGGCTTCATCAGCATGTCCGCTAACGTCGCTGTGTCCCCATCTTTCTGTTGCTGTTTGCCGTCGGTGCATTGTTGCGTTCGCTTTACCCTCAACGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCCCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTc < 2:1833720/149‑1 (MQ=255) 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tcatcaGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCgg > 2:2532673/1‑149 (MQ=255) catcaGCTTTCCAGCTAAGGGCGGTGTGTCGCCATCTTTGTGTTGCTTATTGCCGTGGGTGATTTTTTGGTTTTGATTTCCCCGAAATGTGCGCTGATGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGt < 2:1970819/149‑1 (MQ=255) atcaGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTg > 1:1143545/1‑149 (MQ=255) atcaGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTg > 1:1557469/1‑149 (MQ=255) atcaGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTg > 1:636145/1‑149 (MQ=255) 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aaGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTg < 2:1183741/149‑1 (MQ=255) gTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTggg > 1:3478276/1‑149 (MQ=255) tGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGc < 1:4814144/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCt < 2:636145/149‑1 (MQ=255) ctgctgctTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTgg > 2:4835767/1‑149 (MQ=255) 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gcagcGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATa > 1:4189519/1‑149 (MQ=255) gcagcGCACTGCTGGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATa > 2:4722903/1‑149 (MQ=255) | GGTGGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAA > CP009273/355834‑356129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |