| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 34,345 | G→T | 9.6% | E16* (GAA→TAA) | caiF → | cai operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 34,345 | 0 | G | T | 9.6% | 1042.5 / 64.9 | 280 | E16* (GAA→TAA) | caiF | cai operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/102); new base T (19/8); total (170/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAA > CP009273/34197‑34493 | gAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCg > 1:986360/1‑149 (MQ=255) gTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAAt > 1:4509553/1‑149 (MQ=255) gCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATCTGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGga > 2:3165234/1‑149 (MQ=255) 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tatCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAAt > 1:5219136/1‑149 (MQ=255) atCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATc > 1:2730183/1‑149 (MQ=255) tCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCg < 2:4598744/149‑1 (MQ=255) ccACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCTAATGGATGATGGCTGAAAATCgg < 1:1971513/149‑1 (MQ=255) ccACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCgg > 2:5203031/1‑149 (MQ=255) cacaATTTTAATAGGGCCTTTTTTAATTGCTAAAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTTAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCggt < 1:4982980/149‑1 (MQ=255) tttAATATGGCATTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGa < 1:695723/149‑1 (MQ=255) aaTATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAg > 2:210969/1‑149 (MQ=255) aaTATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAg > 2:2934534/1‑149 (MQ=255) atatGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGc < 1:2455690/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |