| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 460,067 | A→C | 5.1% | L70F (TTA→TTC) | fadM → | long‑chain acyl‑CoA thioesterase III |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 460,067 | 0 | A | C | 5.1% | 1038.8 / 39.1 | 296 | L70F (TTA→TTC) | fadM | long‑chain acyl‑CoA thioesterase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (115/166); new base C (6/9); total (121/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTTGGAAAATAGCGACAGTTTTCAGTGGATGACGGCCCATAACATCGCCTTCGTCGTGGTCAATATCAATATTAACTATCGTCGCCCAGCGGTATTAAGTGACCTGTTAACTATTACCAGTCAGTTGCAGCAATTAAACGGTAAAAGCGGCATCTTAAGCCAGGTCATTACACTGGAGCCGGAAGGGCAGGTGGTAGCGGATGCGCTTATTACGTTTGTTTGTATTGATCTTAAAACGCAGAAAGCATTAGCTCTGG > CP009273/459920‑460215 | ccGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTTGGAAAATAGCGACAGTTTTCAGTGGATGACGGCCCATAACATCGCCTTCGTCGTGGTCAATATCAATATTAACTATCGTCGCCCAGCGGTATTAAGTGACCTGTTaa < 2:3182150/149‑1 (MQ=255) cGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTTGGAAAATAGCGACAGTTTTCAGTGGATGACGGCCCATAACATCGCCTTCGTCGTGGTCAATATCAATATTAACTATCGTCGCCCAGCGGTATTAAGTGACCTGTTAAc < 1:3504462/149‑1 (MQ=255) cTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTTGGAAAATAGCGACAGTTTTCAGTGGATGACGGCCCATAACATCGCCTTCGTCGTGGTCAATATCAATATTAACTATCGTCGCCCAGCGGTATTAAGTGACCTGTTAACTa > 2:40348/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |