| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 553,502 | 0 | C | A | 12.6% | 983.2 / 91.2 | 286 | intergenic (‑305/‑166) | folD/sfmA | bifunctional 5,10‑methylene‑tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10‑methylene‑tetrahydrofolate cyclohydrolase/FimA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/133); new base A (17/19); total (134/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GTCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCGGAAGTATTCATCTAACGGGGCTCTCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAAT > CP009273/553355‑553649 | tCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCgg > 2:4477789/1‑149 (MQ=255) tCCATGATGGCGTTGTAAATCCGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCgg > 2:179526/1‑149 (MQ=255) tCCATGATGGCGTTGTAAATCCGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGAGTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCgg > 2:3935306/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |