| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 578,719 | G→T | 11.5% | intergenic (+128/‑418) | tfaX → / → appY | pseudogene, DLP12 prophage;Phage or Prophage Related/global transcriptional activator; DLP12 prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 578,719 | 0 | G | T | 11.5% | 731.2 / 61.7 | 217 | intergenic (+128/‑418) | tfaX/appY | pseudogene, DLP12 prophage;Phage or Prophage Related/global transcriptional activator; DLP12 prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/115); new base T (13/12); total (90/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
AGTGGCTTATTCAACCATAATAAACAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTTAATAAAGAAAAATTAAGCAAGCTGGATGTTGGTTTTTTGTTAATTGAATGGTTCTAATAATGTTTTTTTACTGTTGTTGAATGTGACTTGATAAGAAATGCAAGTAAAAATGATACTCTTTTTATTTTAAATTCAAACGGTTGAC > CP009273/578572‑578867 | gTGGCTTATTCAACCATAATAAAAAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGtt < 1:5128785/149‑1 (MQ=255) gCTTATTCAACCATAATAAACAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTtaa < 1:4025283/149‑1 (MQ=255) cTTATTCAACCATAATAAACAGTATGTATATCATAGGTTATTAATTGTGAGTTTTTTCGGTGTGTTATTTGTTTGTTTGATGTTATGCTTTTGCGCCCCAAAAGGTTGTTTAGATGTATTTTATCAATTGATTTTCAATATCGTTtaat < 2:1412672/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |