| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1645804 | NA (NA) | 21 (0.090) | 17/276 | NT | 9.8% | intergenic (+10/‑4) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related |
| ? | CP009273 | = 2309096 | 194 (0.810) | coding (2130/2673 nt) | rcsD | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC | |||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
AAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAAT > CP009273/2308947‑2309245 | cgcgGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGcc < 2:3811771/150‑1 (MQ=255) gcgGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTggatt > 1:3966985‑M2/1‑145 (MQ=255) gggATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTggatttg < 1:3154329‑M2/150‑8 (MQ=255) gggATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGt > 2:2221822/1‑150 (MQ=255) ggATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGtt > 1:2640350/1‑150 (MQ=255) ggATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGtt < 2:4868415/150‑1 (MQ=255) gtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACTCGCCAGTTa < 1:2385388‑M1/15‑1 (MQ=255) gATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTa > 1:1437848/1‑150 (MQ=255) aTGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAg > 2:5135240/1‑150 (MQ=255) cTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAAt < 1:2062328/150‑1 (MQ=255) ttGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAAtt > 1:87168/1‑150 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACTCGCCAGTTAGAAAAtt > 2:1317211‑M1/129‑150 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtcgaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACTCGCCAGTTAGAAAAtt > 2:1537875‑M1/129‑150 (MQ=255) tGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTg < 2:1493951/150‑1 (MQ=255) tGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTg < 1:4983576/150‑1 (MQ=255) cacGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTg < 2:4830749/150‑1 (MQ=255) acGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGc > 2:709586/1‑150 (MQ=255) tACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAAcc > 1:3222384/1‑150 (MQ=255) 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gccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATca < 1:2434413‑M1/40‑1 (MQ=255) cATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATcaca > 1:3500733/1‑150 (MQ=255) cATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATcaca > 2:3559489/1‑150 (MQ=255) atatCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 2:2484963‑M2/150‑38 (MQ=255) tCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCg > 1:3876026/1‑150 (MQ=255) 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tCACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctt < 2:4557565‑M2/150‑146 (MQ=255) cACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGa < 2:4112714/150‑1 (MQ=255) aCTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGaa > 1:4251847/1‑150 (MQ=255) aCTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGaa < 1:2858414/150‑1 (MQ=255) aCTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGaa > 1:2541529/1‑150 (MQ=255) cTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGaaa > 1:1397164/1‑150 (MQ=255) tggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgct < 2:2275285‑M2/150‑150 (MQ=255) tggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgct < 2:2652018‑M2/150‑150 (MQ=255) tggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgct > 1:3238590‑M2/1‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAAt > 1:1881928/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAAt < 2:2315157/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAAt < 2:2314979/150‑1 (MQ=255) | AAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAAT > CP009273/2308947‑2309245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |