| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 553,502 | 0 | C | A | 9.6% | 628.1 / 34.9 | 186 | intergenic (‑305/‑166) | folD/sfmA | bifunctional 5,10‑methylene‑tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10‑methylene‑tetrahydrofolate cyclohydrolase/FimA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/91); new base A (7/11); total (84/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CGTCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATA‑TTTGTGTTGAATATATTTTGCGCGGAAGTATTCATCTAACGGGGCTCTCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAA > CP009273/553354‑553647 | cGTCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATA‑TTTGTGTTGAATATATTTTGcgcg > 2:4252636/1‑150 (MQ=255) tCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATA‑TTTGTGTTGAATATATTTTGCGAGGa < 2:2369917/150‑1 (MQ=255) tCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATA‑TTTGTGTTGAATATATTTTGCGAGGa < 2:4951820/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |