Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 565,317 | G→A | 7.4% | A320A (GCG→GCA) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 565,317 | 0 | G | A | 7.4% | 680.4 / 29.7 | 216 | A320A (GCG→GCA) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/90); new base A (7/9); total (117/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAA > CP009273/565168‑565466 | gTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCg < 1:4889520/150‑1 (MQ=255) gTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCg > 2:3479810/1‑150 (MQ=255) cATATCAGATGATTTGTTTTACGGTGTACAGGACATTCGGTTGGCACCTTTTGTTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTTTGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAATTGTGAGGCTTGTGTTAATACCATGATTGTTCATGCGGt < 1:1851832/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |