Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 632,406 | T→A | 11.9% | K223N (AAA→AAT) | ybdO ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 632,406 | 0 | T | A | 11.9% | 719.3 / 73.5 | 227 | K223N (AAA→AAT) | ybdO | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/98); new base A (12/15); total (114/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
ATTGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGT > CP009273/632257‑632555 | ttGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGAttt < 1:4917432/150‑1 (MQ=255) gAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTg < 1:3246214/150‑1 (MQ=255) ggTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGa < 2:352877/150‑1 (MQ=255) 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gagGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGc > 1:94736/1‑150 (MQ=255) gagGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGc > 1:448650/1‑150 (MQ=255) agGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGcc > 2:4029513/1‑150 (MQ=255) agGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGcc < 1:334209/150‑1 (MQ=255) agGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGcc < 1:36647/150‑1 (MQ=255) 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gagaTTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAAtt < 1:1170061/150‑1 (MQ=255) gaTTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTag < 1:690090/150‑1 (MQ=255) | ATTGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGT > CP009273/632257‑632555 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |