| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 843,299 | C→A | 23.0% | W54C (TGG→TGT) | glnH ← | glutamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 843,299 | 0 | C | A | 23.0% | 500.8 / 128.2 | 204 | W54C (TGG→TGT) | glnH | glutamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/70); new base A (18/29); total (105/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GAGAAATCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACTTTTAA > CP009273/843150‑843448 | gagaAATCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGcc > 2:1720599/1‑150 (MQ=255) gaAATCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCca > 1:460020/1‑150 (MQ=255) gaAATCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAATTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCca > 2:4209094/1‑150 (MQ=255) aaaTCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAAGGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCcac < 2:4616484/150‑1 (MQ=255) aaTCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCGTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGcacaca > 2:4561157/1‑150 (MQ=255) aaTCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCCTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCcaca < 2:3037599/150‑1 (MQ=255) gatcgCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACCGagc > 1:3268169/1‑148 (MQ=255) atcgCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCa > 2:1323725/1‑150 (MQ=255) tcgCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCaa < 2:4838808/150‑1 (MQ=255) cgCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAAc < 1:4063648/150‑1 (MQ=255) cgCTTTTGTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCAAc < 2:4930973/150‑1 (MQ=255) tttttACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTTCAGTGCCGGAAAGATCCCACTGAAATCCATAGGCGTCAGTTCGGAAACCAGCATCATCTCATTAACTATGGCAGCACACAGAAAAACGTCa > 1:3504806/1‑150 (MQ=255) tttACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCAACGTCaaa < 1:2777018/150‑1 (MQ=255) ttACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCCCAGATCAACGTCAAAg > 1:1867174/1‑150 (MQ=255) ttACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCAACGTCAAAg < 1:1957453/150‑1 (MQ=255) tACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGACCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGc < 2:4176794/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGcc < 1:439256/150‑1 (MQ=255) cGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGccc > 2:1697247/1‑150 (MQ=255) cGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCGTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCAACGTCAAAGccc > 1:639655/1‑150 (MQ=255) gCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCca < 1:3457460/150‑1 (MQ=255) cgtcgGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCAACGTCAAAGCCCACat < 2:2834776/150‑1 (MQ=255) gtcgGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACata > 1:1005049/1‑150 (MQ=255) gtcgGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACata < 1:4443766/150‑1 (MQ=255) tcgGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACatat > 2:4189394/1‑150 (MQ=255) cgGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATAtt > 1:2257986/1‑150 (MQ=255) ggTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATAttt > 2:2643738/1‑150 (MQ=255) gTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTa < 2:2257889/150‑1 (MQ=255) gTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTa > 1:430507/1‑150 (MQ=255) gATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATc > 2:1558691/1‑150 (MQ=255) gATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATc > 1:2544652/1‑150 (MQ=255) aTGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCg > 1:1702740/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGt > 2:4279051/1‑150 (MQ=255) tGCACGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGtt > 2:2390554/1‑150 (MQ=255) 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tCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACg < 2:1109432/150‑1 (MQ=255) aCGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCACACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAg < 2:3614236/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGc < 1:525144/150‑1 (MQ=255) ttGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTa < 1:4573877/150‑1 (MQ=255) gTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATcc < 2:3476238/150‑1 (MQ=255) 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ttCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGc > 1:10846/1‑150 (MQ=255) cGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCaa > 1:1137698/1‑150 (MQ=255) tAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCaaaa < 1:1697247/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAg > 2:4197060/1‑150 (MQ=255) gATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGa > 2:938698/1‑150 (MQ=255) aTGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAACAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGaa < 1:1300453/150‑1 (MQ=255) cAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGACGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACtt < 1:4197060/150‑1 (MQ=255) aGCACACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACttt > 1:2244350/1‑150 (MQ=255) aGCACACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACttt > 2:3809502/1‑150 (MQ=255) ccACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACTTTTaa < 1:1614553/150‑1 (MQ=255) ccACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACTTTTaa < 1:4110170/150‑1 (MQ=255) ccACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACTTTTaa < 1:569798/150‑1 (MQ=255) | GAGAAATCGATCGCTTTTTTACGCTCGTCGGTGATGGTAATGCCCGCCAGCGCCAGATCGACGTTTTTGGTTTGCAGTGCCGGAATGATCCCACTGAAATCCATCGGCTTCAGTTCGTAATCCAGCTTCAGCTCTTTAGCGATGGCAGCCCACAGATCAACGTCAAAGCCCACATATTTATCGCCCTGTTTAAATTCAAACGGAACGAAGGCGGTATCCGTCGCGACAACTAATTTTTTATCCGCGGCATGAGAAGAAACCGCAAAAGCCAGGGTCAGTGCAGCCAGTGAAACTTTTAA > CP009273/843150‑843448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |