| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,148,279 | G→T | 8.2% | A295A (GCG→GCT) | fabF → | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,148,279 | 0 | G | T | 8.2% | 842.1 / 39.6 | 244 | A295A (GCG→GCT) | fabF | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/105); new base T (9/11); total (128/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CACGCGAAAAAACGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTGAAGCGCAGGCGGTGAAAACCATCTTCGGTGAAGCTGCAAGCCGTGTGTTGGTAAGCTCCACGAAATCTATGACCGGTCACCTGTTAGGTGC > CP009273/1148130‑1148428 | cacGCGAAAAAACGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAATCg < 2:3908966/150‑1 (MQ=255) gcgAAAAAACGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGt > 2:264804/1‑150 (MQ=255) cgAAAAAACGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTc < 1:850983/150‑1 (MQ=255) gAAAAAACGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCa > 1:1739853/1‑150 (MQ=255) aaaaCGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGAt < 1:3811938/150‑1 (MQ=255) aaaCGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGAtt < 2:2998241/150‑1 (MQ=255) gcgGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCt < 2:22969/150‑1 (MQ=255) cGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTa > 1:2405324/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAAcgc > 2:4211656/1‑150 (MQ=255) aaTTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAAcgc > 2:3397701/1‑150 (MQ=255) aTTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAAcgcg > 1:3710478/1‑150 (MQ=255) tACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCAc < 2:2306069/150‑1 (MQ=255) aCGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACg > 2:4294052/1‑150 (MQ=255) 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tttGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCt < 1:481361/150‑1 (MQ=255) gAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATaa < 2:1135883/150‑1 (MQ=255) gcGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTg > 1:3325427/1‑150 (MQ=255) cGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTGa > 1:3165947/1‑150 (MQ=255) cGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTGa > 2:833677/1‑150 (MQ=255) 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cGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTGAAGCGCAGGCGGTGAAAACCATCTTCGGTGAAGCTGCAAGCCGTGTGTTGGTAAGCTCCACGAAATCTATGACCGGTCACCTGTTAGGTg < 1:1232372/150‑1 (MQ=255) gAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTGAAGCGCAGGCGGTGAAAACCATCTTCGGTGAAGCTGCAAGCCGTGTGTTGGTAAGCTCCACGAAATCTATGACCGGTCACCTGTTAGGTgc < 2:3463299/150‑1 (MQ=255) | CACGCGAAAAAACGCGGTGCGAAAATTTACGCTGAACTCGTCGGCTTTGGTATGAGCAGCGATGCTTATCATATGACGTCACCGCCAGAAAATGGCGCAGGCGCAGCTCTGGCGATGGCAAATGCTCTGCGTGATGCAGGCATTGAAGCGAGTCAGATTGGCTACGTTAACGCGCACGGTACTTCTACGCCGGCTGGCGATAAAGCTGAAGCGCAGGCGGTGAAAACCATCTTCGGTGAAGCTGCAAGCCGTGTGTTGGTAAGCTCCACGAAATCTATGACCGGTCACCTGTTAGGTGC > CP009273/1148130‑1148428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |