Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,164,408 | 0 | T | A | 8.4% | 722.4 / 41.5 | 213 | intergenic (‑120/‑121) | ycfQ/bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/101); new base A (11/7); total (105/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TTTTACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGC > CP009273/1164259‑1164557 | ttttACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGAttttt > 2:4539331/1‑150 (MQ=255) ttttACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGAttttt < 2:4655656/150‑1 (MQ=255) ttttACACATTGTGTTGAGTCAGTTGCCATGATGCCGTTGTACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGAttttt < 1:878216/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |