| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,212,129 | T→C | 5.9% | intergenic (+38/‑75) | ariR → / → ymgC | RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance/Blue light, low temperature and stress induced protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,212,129 | 0 | T | C | 5.9% | 614.9 / 18.0 | 187 | intergenic (+38/‑75) | ariR/ymgC | RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance/Blue light, low temperature and stress induced protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/84); new base C (2/9); total (94/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAATTTTATTGGGTTAATATTTCTACGAGGCTGACATGAATAATTCAATCCCAGAGAGATTTATTTTTCAATGTGCTTTGTTTAAAAATCTCGAGAGGGAGGTGTTCAT > CP009273/1211980‑1212277 | tattatCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACtcatt > 1:4073446/1‑150 (MQ=255) attatCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACtcattc < 2:108005/150‑1 (MQ=255) ttAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTa > 1:4545599/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |