Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,309,158 | G→A | 12.6% | I108I (ATC→ATT) | yciE ← | putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,309,158 | 0 | G | A | 12.6% | 486.4 / 49.2 | 175 | I108I (ATC→ATT) | yciE | putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/88); new base A (12/10); total (77/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCAAATTGCTCGAAGACATATCCGCTAATAGAGCCTTTGACTATTTCATCAGAAGGGAATATACCACCGATTGACTGCCCAAGCGCAGCCATTTTACTCATGGAATCTTTAATGACTGAACGTGAAATGTCATTACGATCAAGAAT > CP009273/1309009‑1309307 | cGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCg > 2:3196492/1‑150 (MQ=255) aaTTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGAt < 1:3195423/150‑1 (MQ=255) aaaaaTTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCTCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCa > 2:1008633/1‑150 (MQ=255) aaaaaTTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCa > 1:4762821/1‑150 (MQ=255) aaaaaTTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCAATTTCa > 2:3523293/1‑150 (MQ=255) aaaaTTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCaa > 2:4505957/1‑150 (MQ=255) aaaaTTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCaa > 2:2519259/1‑150 (MQ=255) aTTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCAAAtt < 1:1804899/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |