| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,377,394 | C→T | 92.2% | A275A (GCG→GCA) | ycjW ← | LacI family putative transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,377,394 | 0 | C | T | 92.2% | 682.9 / 32.9 | 218 | A275A (GCG→GCA) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/8); new base T (80/121); total (89/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
ACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGG > CP009273/1377245‑1377539 | ggTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGc > 1:1179614/1‑150 (MQ=255) tAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTa > 1:5035014/1‑150 (MQ=255) tAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTa < 1:4072146/150‑1 (MQ=255) 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cATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCttttc > 1:1603453/1‑149 (MQ=255) cATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTa > 2:3738377/1‑150 (MQ=255) cATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTa < 2:3549755/150‑1 (MQ=255) aTTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTaa > 1:4339283/1‑150 (MQ=255) ttGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAAt > 1:4974752/1‑150 (MQ=255) 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caccacTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATg < 1:4321084/150‑1 (MQ=255) ccactGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATggg < 2:200532/150‑1 (MQ=255) | ACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGG > CP009273/1377245‑1377539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |