| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,666,139 | C→T | 5.8% | intergenic (+22/‑78) | ydgU → / → ydgD | stationary phase‑induced protein/putative peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,666,139 | 0 | C | T | 5.8% | 725.1 / 22.2 | 226 | intergenic (+22/‑78) | ydgU/ydgD | stationary phase‑induced protein/putative peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (95/115); new base T (6/7); total (104/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GCTAAGCGGGTAACGTTTAGCACCGCCTTTAGCGGAGGGTAGTATGGTGGGCCGTTATCGCTTTGAGTTCATTCTGATCATCCTTATTTTATGCGCACTGATTACCGCCCGTTTTTATCTTTCCTGATTGTAGTTATCTGATTTTACTCCCACTTTCATCCCGTCCCGTCTATAGTATTTATGAGGGTTTGCTTTTAATAATCATAATTACCCACCAGAGTGTGATATGCGTACAACCATTGCTGTAGTGTTGGGTGCAATTAGTTTGACGTCTGCTTTTGTGTTTGCAGATAAACCA > CP009273/1665991‑1666288 | gCTAAGCGGGTAACGTTTAGCACCGCCTTTAGCGGAGGGTAGTATGGTGGGCCGTTATCGCTTTGAGTTCATTCTGATCATCCTTATTTTATGCGCACTGATTACCGCCCGTTTTTATCTTTCCTGATTGTAGTTATCTGATTTTACTcc < 2:2402130/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGTACCGTTTAGCACCGCCTTTAGCGGAGGGTAGTATGGTGGGCCGTTATCGCTTTGAGTTCATTCTGATCATCCTTATTTTATGCGCACTGATTACCGCCCGTTTTTATCTTTCCTGATTGTAGTTATCTGATTTTACTCCCAc > 2:2218608/1‑150 (MQ=255) cGGGTAACGTTTAGCACCGCCTTTAGCGGAGGGTAGTATGGTGGGCCGTTATCGCTTTGAGTTCATTCTGATCATCCTTATTTTATGCGCACTGATTACCGCCCGTTTTTTTCTTTCCTGATTGTAGTTATCTGATTTTACTCCCACttt > 1:3948602/1‑150 (MQ=255) 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aCTCCCACTTTCATCCCGTCCCGTCTATAGTATTTATGAGGGTTTGCTTTTAATAATCATAATTACCCACCAGAGTGTGATATGCGTACAACCATTGCTGTAGTGTTGGGTGCAATTAGTTTGACGTCTGCTTTTGTGTTTGCAGATaaa > 1:600688/1‑150 (MQ=255) cccACTTTCATCCCGTCCCGTCTATAGTATTTATGAGGGTTTGCTTTTAATAATCATAATTACCCACCAGAGTGTGATATGCGTACAACCATTGCTGTAGTGTTGGGTGCAATTAGTTTGACGTCTGCTTTTGTGTTTGCAGATAAACCa > 2:3650261/1‑150 (MQ=255) | GCTAAGCGGGTAACGTTTAGCACCGCCTTTAGCGGAGGGTAGTATGGTGGGCCGTTATCGCTTTGAGTTCATTCTGATCATCCTTATTTTATGCGCACTGATTACCGCCCGTTTTTATCTTTCCTGATTGTAGTTATCTGATTTTACTCCCACTTTCATCCCGTCCCGTCTATAGTATTTATGAGGGTTTGCTTTTAATAATCATAATTACCCACCAGAGTGTGATATGCGTACAACCATTGCTGTAGTGTTGGGTGCAATTAGTTTGACGTCTGCTTTTGTGTTTGCAGATAAACCA > CP009273/1665991‑1666288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |