Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 1,997,314 | G→T | 23.8% | intergenic (‑227/‑39) | fliC ← / → fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,997,314 | 0 | G | T | 23.8% | 393.5 / 104.9 | 171 | intergenic (‑227/‑39) | fliC/fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/69); new base T (25/16); total (86/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
ATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGCAA > CP009273/1997166‑1997463 | aTCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCgg < 1:2845398/150‑1 (MQ=255) aTCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCgg < 2:210681/150‑1 (MQ=255) cGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTa > 1:4381171/1‑150 (MQ=255) 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tCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAAcccc > 1:2707740/1‑150 (MQ=255) cAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAAccccc > 1:1520476/1‑150 (MQ=255) gACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCAt > 1:4157096/1‑150 (MQ=255) gACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCAt > 1:1562307/1‑150 (MQ=255) cctaTAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGTAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCTGGTCTGGATTTATGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCAttt < 2:3858448/147‑1 (MQ=255) 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ccGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGc < 2:4668975/150‑1 (MQ=255) ggTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGCaa > 2:4262784/1‑150 (MQ=255) | ATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGCAA > CP009273/1997166‑1997463 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |