Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,168,487 | A→T | 19.2% | D14E (GAT→GAA) | gatA ← | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,168,487 | 0 | A | T | 19.2% | 557.8 / 121.5 | 213 | D14E (GAT→GAA) | gatA | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/99); new base T (20/21); total (93/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168339‑2168635 | cacaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAAGTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGAt < 2:3371861/150‑1 (MQ=255) cacaATGCGGAATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGACTGTGTCCACGTATCATGAACAACACCTATGGCTATCAACTCATTAACGATATGGGTTAAAACTACGCTACGAt > 1:3066803/1‑150 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATc < 1:3408311/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGa < 2:4970795/150‑1 (MQ=255) gCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACaa > 1:1135327/1‑150 (MQ=255) gCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACaa < 1:4739813/150‑1 (MQ=255) cGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACaaa > 1:1628278/1‑150 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGa > 1:3554892/1‑150 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGa < 2:1920617/150‑1 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGa < 2:2367196/150‑1 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAAtt > 1:1413139/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCt > 1:2027014/1‑150 (MQ=255) gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTa < 2:3707240/150‑1 (MQ=255) tgctgcTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGa < 2:5005680/150‑1 (MQ=255) tgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaaca > 2:2124218/1‑150 (MQ=255) tCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaac < 2:3187034/150‑1 (MQ=255) tCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaac < 2:147271/150‑1 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTa > 1:2698368/1‑150 (MQ=255) 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aGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCg < 1:1149860/150‑1 (MQ=255) ggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTc > 2:2868116/1‑150 (MQ=255) gAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTcc < 1:1619901/150‑1 (MQ=255) gAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTcc < 2:2806485/150‑1 (MQ=255) aaTTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAGAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCt > 2:4464001/1‑150 (MQ=255) aTTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCtt > 1:2446693/1‑150 (MQ=255) cTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTAtt < 2:4862222/150‑1 (MQ=255) tGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTc > 1:1280010/1‑150 (MQ=255) tGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCttcttc > 2:2792869/1‑150 (MQ=255) tGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTc < 1:579809/150‑1 (MQ=255) 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tctGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGcaca < 2:1381546/150‑1 (MQ=255) tctGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGcaca < 2:4867033/150‑1 (MQ=255) tctGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGcaca < 2:3971835/150‑1 (MQ=255) tGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGc < 2:197110/150‑1 (MQ=255) gCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCg < 1:174735/150‑1 (MQ=255) 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ctcATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATg > 2:952990/1‑150 (MQ=255) cATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCg < 1:442756/150‑1 (MQ=255) ttACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGt > 1:2646004/1‑150 (MQ=255) tACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTa < 1:742284/150‑1 (MQ=255) atatGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCt > 2:4914110/1‑150 (MQ=255) 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gCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGAGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTCTTGCTGATAATTCCCCGGACTg > 2:6327/1‑150 (MQ=255) gATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGc > 2:2014491/1‑150 (MQ=255) | CACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168339‑2168635 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |