| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,303,070 | T→G | 71.5% | Q272P (CAG→CCG) | ada ← | fused DNA‑binding transcriptional dual regulator/O6‑methylguanine‑DNA methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,303,070 | 0 | T | G | 71.5% | 506.9 / 218.2 | 260 | Q272P (CAG→CCG) | ada | fused DNA‑binding transcriptional dual regulator/O6‑methylguanine‑DNA methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/43); new base G (78/108); total (109/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
ACAGGGTATTATGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCTGGCGATCACTTCACGCACATGTTGCTGAAACATCAGATCGGCAGGCGCGTTGTCGGCAGCGGGAAACATCTGCTGCAACTCGCTG > CP009273/2302922‑2303216 | ggTATTATGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGaaaa < 1:5188159/150‑1 (MQ=255) attatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCa < 2:2008095/150‑1 (MQ=255) tatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGt < 2:194903/150‑1 (MQ=255) atGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTg < 2:4468134/150‑1 (MQ=255) atGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTg > 2:3834023/1‑150 (MQ=255) gATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTGcc < 1:3411951/150‑1 (MQ=255) aTAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCcg < 1:2608145/150‑1 (MQ=255) aTAGCCAGCTGGGTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCGTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGCCGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCcg < 2:70459/150‑1 (MQ=255) tAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTGCcgc < 2:4247405/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGaa < 2:5179890/150‑1 (MQ=255) gCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGt > 2:1267039/1‑150 (MQ=255) cTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTc > 1:3580127/1‑150 (MQ=255) tgttgGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCa < 2:1556974/150‑1 (MQ=255) tgttgGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCa < 2:4285466/150‑1 (MQ=255) tgttgGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCa < 2:4242635/150‑1 (MQ=255) tgttgGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCa > 2:2400767/1‑150 (MQ=255) ttgGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGc < 1:4119750/150‑1 (MQ=255) cggcACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTa > 1:4986711/1‑150 (MQ=255) gcACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAAc > 2:1780790/1‑150 (MQ=255) cacaGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACg < 2:1057708/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCa > 1:2086979/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCa > 1:1115675/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCa < 2:3685885/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |