Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,399,210 | G→T | 71.2% | S304* (TCA→TAA) | lrhA ← | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,399,210 | 0 | G | T | 71.2% | 272.9 / 183.4 | 195 | S304* (TCA→TAA) | lrhA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/30); new base T (79/60); total (105/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGC > CP009273/2399061‑2399357 | tttGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATg > 1:582961/1‑150 (MQ=255) tGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCGTTCAATCAACAATTaa > 1:4646197/1‑150 (MQ=255) tACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAatc > 1:759301/1‑150 (MQ=255) cGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatcat > 2:2588285/1‑150 (MQ=255) tCTGCATTATGCTATGATGTATTTTAACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATccc < 1:1029821/150‑1 (MQ=255) cTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTTAACTATTGTCTCAGGAATTATATATAGTCCGTCGAGTACTCGATATACCTTTCAATCAACAATTAATAATCCCCTTCCg > 1:2293523/1‑150 (MQ=255) cgttGACGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCa < 1:675675/147‑1 (MQ=255) cGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCa > 2:3277336/1‑150 (MQ=255) gATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAg < 2:2017008/150‑1 (MQ=255) aTGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGa > 1:4939053/1‑150 (MQ=255) gAAGGATTTTTACTAAAAAAATGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACGATTGTGTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCATTCAATCAACAATTAATAATCCCCTTCCGGAGCAGACa > 1:4490763/1‑150 (MQ=255) aaGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTAGCTATCGTCCGTCGATTACTCGTTATCCCGTTCCATCAACAATTACTACTCCCCTTCCGGAGCAGACAt > 2:4987000/1‑150 (MQ=255) aGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAAACAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACAtt > 2:1034251/1‑150 (MQ=255) gATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTgg < 2:3785358/150‑1 (MQ=255) aTTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTggg > 2:2656753/1‑150 (MQ=255) ttttACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCt < 1:3616435/150‑1 (MQ=255) tttACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTg < 1:3521765/150‑1 (MQ=255) tttAATAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTAGTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTg < 1:546531/150‑1 (MQ=255) ttACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGt < 1:2723850/150‑1 (MQ=255) tACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTa < 1:4532535/150‑1 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCCATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGCGCAGACCTTGGGCTGTAtt > 2:4671876/1‑150 (MQ=255) cTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTAtt < 2:5147641/150‑1 (MQ=255) tAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTg < 2:2067208/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGAATACTCGATATCCCTTTCAATAAACAATTAATCATCCCCTTCCGGGGCAGACATTGGGCTGGATTGcc > 1:1113185/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTa < 1:1056419/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATgg < 1:3277552/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATgg > 2:4388974/1‑150 (MQ=255) tttAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGctc > 1:3007143/1‑150 (MQ=255) ttAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATACCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGctct > 1:784315/1‑150 (MQ=255) aaCACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCAt < 2:605496/150‑1 (MQ=255) aaCACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATAGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAAACATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCaa > 1:2447136/1‑149 (MQ=255) acacCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAAATATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATc > 1:4124285/1‑150 (MQ=255) acacCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACAATTGTCTCAGGAATTATATATCGTCCCTCGATTACTCGATAAACCATTAAATCAACAATTAAACATCCCCATCCGGAGCAGACAATTGGCTGTATTTCCACGGATTATTGTAGCTCACCaaa > 1:1894686/1‑148 (MQ=255) ccccAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCt < 2:1803058/150‑1 (MQ=255) ccccAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCt > 2:3527393/1‑150 (MQ=255) cccAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTg > 2:2151911/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATa > 2:4737685/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATa < 1:3463699/150‑1 (MQ=255) aGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATa < 1:1076710/150‑1 (MQ=255) gCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAg < 2:2201029/150‑1 (MQ=255) ggCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGAt > 2:829851/1‑150 (MQ=255) ggCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGAt > 1:838867/1‑150 (MQ=255) ggCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGAt > 1:2914710/1‑150 (MQ=255) cGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCAcc < 2:2294079/150‑1 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCt > 1:2729454/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCt > 1:5065483/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCt < 2:1532572/150‑1 (MQ=255) ttttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCTGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTg < 2:3934478/150‑1 (MQ=255) ttttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTg < 1:3321387/150‑1 (MQ=255) tttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTCTCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTgg < 1:3714442/150‑1 (MQ=255) tACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCa < 1:3366452/150‑1 (MQ=255) tACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCa < 1:2579220/150‑1 (MQ=255) acacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAg < 2:3262968/150‑1 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGc > 2:1937705/1‑150 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGACCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGc < 2:739372/150‑1 (MQ=255) cTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTc > 1:3834817/1‑150 (MQ=255) cTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTc < 2:4101839/150‑1 (MQ=255) tGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCatta > 2:4671079/1‑150 (MQ=255) gTCTAAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCACTCTACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCattat < 2:4768478/150‑1 (MQ=255) ctcAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCAttatta > 1:262250/1‑150 (MQ=255) tcAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTAc < 1:3888730/150‑1 (MQ=255) cAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACt < 2:2895364/150‑1 (MQ=255) aGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTg > 1:1932431/1‑150 (MQ=255) ggAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTgg < 1:3866149/150‑1 (MQ=255) ggAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTgg > 1:2664118/1‑150 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTCTTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc > 2:365386/1‑150 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc > 2:365350/1‑150 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc > 1:634441/1‑150 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc > 2:332195/1‑150 (MQ=255) aTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACg > 1:3983729/1‑150 (MQ=255) aTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCCTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACg < 1:4724572/150‑1 (MQ=255) ttATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACgg > 1:1287352/1‑150 (MQ=255) tatctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGa > 2:1400429/1‑150 (MQ=255) tatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCAt < 2:5094326/150‑1 (MQ=255) tatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCAt < 2:5065483/150‑1 (MQ=255) gtccgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGca > 1:4749576/1‑150 (MQ=255) gtccgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCAGTATTACTGGACGGATCATAGca > 1:2855773/1‑150 (MQ=255) cGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCaa > 2:3342991/1‑150 (MQ=255) aTTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAat > 1:2543742/1‑150 (MQ=255) aCTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATAtt < 1:4672161/150‑1 (MQ=255) cTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTc > 1:1321136/1‑150 (MQ=255) gATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGt < 1:1521654/150‑1 (MQ=255) gATATCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGt > 2:4602592/1‑150 (MQ=255) atatCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTa > 1:4308295/1‑150 (MQ=255) atCCCTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATc > 1:3668248/1‑150 (MQ=255) cccTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAg < 1:480925/150‑1 (MQ=255) cccTTTCAATCAACAATGAATCAACCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACATCAAATATTCGGTATCAg > 2:21191/1‑150 (MQ=255) ccTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAgg > 2:4638695/1‑150 (MQ=255) ccTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAgg > 1:4625709/1‑150 (MQ=255) cTTTCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGt > 1:2971228/1‑150 (MQ=255) cTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGt > 2:4211538/1‑150 (MQ=255) tttCAATCAACAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTa > 2:3095941/1‑150 (MQ=255) atcaaCAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAgcggc < 2:2914733/150‑1 (MQ=255) tcaaCAATTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTCTCAGGTAgcggcg > 2:2022417/1‑150 (MQ=255) caacaaTTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGcggcgg > 2:1994491/1‑150 (MQ=255) caacaaTGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGcggcgg > 2:4280930/1‑150 (MQ=255) aacaaTTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCCGCTCATTATTACTGGACGGATCAGAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGt > 2:343136/1‑150 (MQ=255) aacaaTTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGt < 1:5088400/150‑1 (MQ=255) acaaTTAATCAGCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTa < 1:3938329/150‑1 (MQ=255) aTGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGc < 2:126493/150‑1 (MQ=255) | TTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGC > CP009273/2399061‑2399357 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |