Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,416,101 | C→A | 66.8% | intergenic (+21/+27) | yfcH → / ← yfcI | putative NAD‑dependent nucleotide‑sugar epimerase/transposase_31 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,416,101 | 0 | C | A | 66.8% | 267.0 / 277.7 | 241 | intergenic (+21/+27) | yfcH/yfcI | putative NAD‑dependent nucleotide‑sugar epimerase/transposase_31 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/45); new base A (76/85); total (111/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CTGTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGC > CP009273/2415952‑2416246 | cTGTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATcc < 2:2044534/150‑1 (MQ=255) tAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCa < 1:619950/150‑1 (MQ=255) aaTGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAg > 1:3014663/1‑150 (MQ=255) tGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGtt < 2:900426/150‑1 (MQ=255) tGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGtt < 2:4210603/150‑1 (MQ=255) tGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCAAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGtt < 2:3437531/150‑1 (MQ=255) gCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAAc < 1:996870/150‑1 (MQ=255) gAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTAGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTc > 2:4527610/1‑150 (MQ=255) aTCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTccc < 1:1968185/150‑1 (MQ=255) aTCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTccc > 2:2975677/1‑150 (MQ=255) aTCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTccc > 2:1888690/1‑150 (MQ=255) ttCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGgt < 1:822380/150‑1 (MQ=255) tCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGgtg > 2:3617070/1‑150 (MQ=255) gTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTa > 1:1764351/1‑150 (MQ=255) gTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTa > 2:4093391/1‑150 (MQ=255) tACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTAc < 2:2490389/150‑1 (MQ=255) cTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGCTTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCTGTGTTCCAg > 2:1117267/1‑150 (MQ=255) cTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAg > 2:3716370/1‑150 (MQ=255) 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tATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGAtt < 1:354169/150‑1 (MQ=255) aTTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTa < 1:2100286/150‑1 (MQ=255) aTTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTa > 2:861339/1‑150 (MQ=255) ttAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAg > 1:422145/1‑150 (MQ=255) aGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTg < 2:4933282/150‑1 (MQ=255) ggACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCtt > 1:3479634/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgcg > 1:4660939/1‑150 (MQ=255) cgcgcgCTGCCTAACCGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGcgcg < 2:4384840/150‑1 (MQ=255) cgcgcTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGAt < 1:3642274/150‑1 (MQ=255) cgcgcTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGAt > 2:4731903/1‑150 (MQ=255) 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gTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACca > 2:1749107/1‑150 (MQ=255) gTTTTGCGTGTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACca < 2:257739/150‑1 (MQ=255) tttGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcatc < 1:2086323/150‑1 (MQ=255) tGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcatcat > 2:307125/1‑150 (MQ=255) tGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcatcat < 1:1544893/150‑1 (MQ=255) 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ggTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc > 1:1458605/1‑150 (MQ=255) gTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctct < 1:2873727/150‑1 (MQ=255) cGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTc < 2:3172171/150‑1 (MQ=255) gATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCt < 1:3803693/150‑1 (MQ=255) tttAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTaa < 2:3638660/150‑1 (MQ=255) 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aTGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCt < 2:2903864/150‑1 (MQ=255) tGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTg < 2:1621447/150‑1 (MQ=255) tCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAg < 2:3488014/150‑1 (MQ=255) cGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGc < 2:3805083/150‑1 (MQ=255) cGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGc > 1:132291/1‑150 (MQ=255) 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gATGTGGTTGACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTTGTGGCTTTGCGCGATAAGTTCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTATAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCa < 1:4187514/150‑1 (MQ=255) aTGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTCACTCTCTGGCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAg > 2:710805/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAg > 1:3147382/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAg > 1:3922329/1‑150 (MQ=255) tgtgGTTTACAGCAAACATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAgg < 1:562270/150‑1 (MQ=255) 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aCATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTg > 1:1106847/1‑150 (MQ=255) cATCAGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGc > 1:2582635/1‑150 (MQ=255) | CTGTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTATTAGGTGGACAACGCGCGCTGCCTAAACGGCTGGAAGAAGCGGGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAAACCTCTATCCAGCATCTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGC > CP009273/2415952‑2416246 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |