Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,457,708 | G→T | 22.0% | intergenic (+159/+23) | yfdF → / ← mlaA | uncharacterized protein/ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, OM lipoprotein component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,457,708 | 0 | G | T | 22.0% | 554.2 / 127.8 | 221 | intergenic (+159/+23) | yfdF/mlaA | uncharacterized protein/ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, OM lipoprotein component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/83); new base T (21/28); total (110/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTTTTTATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTCGCGCACCATAATA > CP009273/2457559‑2457857 | ccAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTGGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGa > 1:474564/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTc < 2:4696508/150‑1 (MQ=255) tttGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCTACTCACCt < 2:1110840/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |