Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,525,538 | G→T | 21.7% | A239A (GCG→GCT) | cysZ → | EI24 family inner membrane protein; putative sulfate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,525,538 | 0 | G | T | 21.7% | 558.8 / 117.2 | 218 | A239A (GCG→GCT) | cysZ | EI24 family inner membrane protein; putative sulfate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (79/91); new base T (23/24); total (103/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
ACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATAT > CP009273/2525390‑2525687 | ccACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTAt > 1:1809492/1‑150 (MQ=255) ccACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGAt < 1:103017/150‑1 (MQ=255) ccACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGAt < 2:1625422/150‑1 (MQ=255) ccACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGAt > 1:1947463/1‑150 (MQ=255) caAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGAtgtg > 1:2788610/1‑150 (MQ=255) aaGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAAACACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCTCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTATGTggg > 2:1146582/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTATGTGGGt > 1:4159347/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGt > 2:2183727/1‑150 (MQ=255) gCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTTCGCAAACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTTGTGGTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGa < 2:3243516/150‑1 (MQ=255) ccGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGAt < 1:281355/150‑1 (MQ=255) tttAAAGAGATTCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCATGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTAGGTGGGTCGATTGc > 2:8662/1‑150 (MQ=255) tttAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGc > 2:537103/1‑150 (MQ=255) agagATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTATGTGGGTCGATTGCTATcg > 1:1218955/1‑150 (MQ=255) agagATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATcg < 2:335851/150‑1 (MQ=255) aTGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTGTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGAt > 2:2192793/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCACACGCAACAACACCAAGCTGCAGTGTGGTGCTTTACCCCGCCTGGTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATACACACGCGAt < 2:2656954/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGAt > 1:3759209/1‑150 (MQ=255) tGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGAtgt > 1:431481/1‑150 (MQ=255) 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aaTCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATc < 1:360275/150‑1 (MQ=255) aaTCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATc > 1:4830579/1‑150 (MQ=255) aaTCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATc < 2:2579073/150‑1 (MQ=255) aCCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTAcc > 2:3899151/1‑150 (MQ=255) ccAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCg < 2:738810/150‑1 (MQ=255) 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tatGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTa < 2:2319840/150‑1 (MQ=255) tttGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCTATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTa < 2:1809492/150‑1 (MQ=255) tttGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTa > 1:2498075/1‑150 (MQ=255) gTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAAcc < 1:3929582/150‑1 (MQ=255) tGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCg > 1:3554859/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |