| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,544,288 | C→A | 8.9% | V96V (GTG→GTT) | yfeY ← | RpoE‑regulated lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,544,288 | 0 | C | A | 8.9% | 842.7 / 48.8 | 246 | V96V (GTG→GTT) | yfeY | RpoE‑regulated lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/115); new base A (13/9); total (122/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CGATTATCATCACCATCAGCTTTTTGGCAATTGCCAAATGCTTTGCTGTAAAGGTCGCTAAACGGTGTACCGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATCGCCACGTTGTCGCCCTTCATCACTTCAAAAAAGCGCACCACGTTGCCGTTCGCGGTTTTCATTCCGCTGCGCAGGCGATAATCGCCATCAAGCGCATCGGCAATGGCTTGTTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCA > CP009273/2544139‑2544435 | cGATTATCATCACCATCAGCTTTTTGGCAATTGCCAAATGCTTTGCTGTAAAGGTCGCTAAACGGTGTACCGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATc > 2:3449661/1‑150 (MQ=255) atcatcACCATCAGCTTTTTGGCAATTGCCAAATGCTTTGCTGTAAAGGTCGCTAAACGGTGTACCGATTCTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATAACCAt < 1:4240906/150‑1 (MQ=255) tcatcaCCATCAGCTTTTTGGCAATTGCCAAATGCTTTGCTGTAAAGGTCGCTAAACGGTGTACCGATTTTAACACCGGTGTCAGCAGGAATATCGCTATCCAGCACGTCAATGCGACTGATCGTGCCTTGATCGCCGTTAATCACCATc < 2:2200677/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |