| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,596,499 | G→A | 6.0% | G441G (GGG→GGA) | hyfB → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,596,499 | 0 | G | A | 6.0% | 704.1 / 22.7 | 215 | G441G (GGG→GGA) | hyfB | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/96); new base A (8/5); total (114/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TGCCTCGCGATATCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTATTACTTTCTGTGGTGCGCCGCGCAGTACACACGCTGAAGAGGCACAGGAAGTGCCAAATACGATGATCGTCGCCATGCTACTGCTCGCGGCACTCTGCGTATTAATTGCGCTTAG > CP009273/2596350‑2596648 | ccTCGCGATATCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCt < 2:2361657/150‑1 (MQ=255) cTCGCGATATCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTg < 1:2888902/150‑1 (MQ=255) cgcgATATCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGc > 2:3172915/1‑150 (MQ=255) tatCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTaa < 1:999215/150‑1 (MQ=255) atCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAAt > 2:5178661/1‑150 (MQ=255) atCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGACTGGCAGTAAt > 2:4794415/1‑150 (MQ=255) atCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACGAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGACTGGCAGTAAt > 2:4794540/1‑150 (MQ=255) tCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAAtg < 1:2032579/150‑1 (MQ=255) cAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAAtgt > 2:2858039/1‑150 (MQ=255) ccATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCt < 1:42178/150‑1 (MQ=255) cATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGACTGGCAGTAATGTGCtt < 2:352084/150‑1 (MQ=255) aTTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTc > 1:338759/1‑150 (MQ=255) tGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGt < 2:2951106/150‑1 (MQ=255) gAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTa > 2:2478965/1‑150 (MQ=255) aaTGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTAc > 2:4675058/1‑150 (MQ=255) aTGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACg > 1:3015804/1‑150 (MQ=255) ggTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGt > 2:927459/1‑150 (MQ=255) ttttATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTAt < 2:1713903/150‑1 (MQ=255) tttATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTAtt < 1:2158121/150‑1 (MQ=255) tttATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTAtt > 2:4229152/1‑150 (MQ=255) tttATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTAAGGTAtt > 2:887373/1‑150 (MQ=255) ttATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTATTa > 2:3978259/1‑150 (MQ=255) tATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTATTAc < 1:1338615/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |