| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 169,148 | G→T | 8.8% | A400A (GCG→GCT) | fhuB → | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 169,148 | 0 | G | T | 8.8% | 701.1 / 38.3 | 205 | A400A (GCG→GCT) | fhuB | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/99); new base T (7/11); total (95/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGCGGCGTTTGGCGTGGTGTTGATGCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCT > CP009273/168999‑169297 | gCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCg > 2:700160/1‑150 (MQ=255) cccTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCgg > 2:2729295/1‑150 (MQ=255) cccTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCgg > 2:2729368/1‑150 (MQ=255) ccTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCggg > 1:2455043/1‑150 (MQ=255) cTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGc < 1:4824026/150‑1 (MQ=255) cTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGc > 2:4496473/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGt < 2:5056758/150‑1 (MQ=255) cgggcggCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTGGTGATTCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGGTGCTCGAGGATTTAATTCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCGGTTTGCGGGCGTCa > 1:2256273/1‑150 (MQ=255) cgggcggCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCa < 1:421343/150‑1 (MQ=255) gggcggCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCAt < 1:4871626/150‑1 (MQ=255) gcggcgTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGc > 1:3837044/1‑150 (MQ=255) gcggcgTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGc > 1:3680689/1‑150 (MQ=255) ggcgTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtg < 1:107030/150‑1 (MQ=255) gctgctGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggt > 2:1000117/1‑150 (MQ=255) tgctgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtgg > 1:4008436/1‑150 (MQ=255) tgctgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtgg < 1:5044816/150‑1 (MQ=255) ctgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtggcg < 2:4717923/150‑1 (MQ=255) tgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtggcgg < 1:1903387/150‑1 (MQ=255) tgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGATGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAAATATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtggcgg > 2:2219558/1‑150 (MQ=255) aTGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGt > 1:5182136/1‑150 (MQ=255) aTGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGt > 1:3848712/1‑150 (MQ=255) tGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCTGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGta > 2:4727460/1‑150 (MQ=255) tGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCTGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGta > 2:4859577/1‑150 (MQ=255) tgtgGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGtattat > 2:4546050/1‑150 (MQ=255) tggtggtggCGCTGGCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTc < 2:733330/150‑1 (MQ=255) tggtggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATTCCCAGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATTCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTAAGc > 1:4394878/1‑150 (MQ=255) gtggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGa > 2:333356/1‑150 (MQ=255) tggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGAc < 1:5060413/150‑1 (MQ=255) tggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGAc > 2:2135690/1‑150 (MQ=255) tggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGAc > 1:2869733/1‑150 (MQ=255) cgcTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGATGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGa < 1:3934912/150‑1 (MQ=255) tGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCTGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCg < 1:2543931/150‑1 (MQ=255) tCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGa > 1:1351305/1‑150 (MQ=255) cGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGaa < 1:4556074/150‑1 (MQ=255) tCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGAt < 1:4290893/150‑1 (MQ=255) aTGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCaa > 1:3316831/1‑150 (MQ=255) tGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTCGTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAg > 2:1366011/1‑150 (MQ=255) gcgcACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGc < 1:4799766/150‑1 (MQ=255) cgcACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGcc < 2:437655/150‑1 (MQ=255) gcACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGccc > 2:3532632/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGa > 2:4027086/1‑150 (MQ=255) gCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAg < 1:2653736/150‑1 (MQ=255) ggACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGc < 1:2091405/150‑1 (MQ=255) 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gggCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGCGGCGTTTGGCGTGGTGTTGATGCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTggctggct > 2:2617119/1‑150 (MQ=255) gggCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGCGGCGTTTGGCGTGGTGTTGATGCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTggctggct > 2:840293/1‑150 (MQ=255) | GCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGCGGCGTTTGGCGTGGTGTTGATGCTGTTTCTGGTGCCGGGTAATGCCTTTGGCTGGCT > CP009273/168999‑169297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |