| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,664,779 | G→T | 5.5% | D66Y (GAT→TAT) | hcaB → | 2,3‑dihydroxy‑2,3‑dihydrophenylpropionate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,664,779 | 0 | G | T | 5.5% | 735.7 / 19.7 | 209 | D66Y (GAT→TAT) | hcaB | 2,3‑dihydroxy‑2,3‑dihydrophenylpropionate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/88); new base T (8/4); total (117/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CGGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTC > CP009273/2664630‑2664928 | cGGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGGTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCg < 2:722980/150‑1 (MQ=255) gggATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGa > 1:4322369/1‑150 (MQ=255) aTTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTa < 1:1008739/150‑1 (MQ=255) aTTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTa < 1:4110542/150‑1 (MQ=255) gggCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCaa < 1:2251705/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAAc < 1:2544498/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAAcgcg > 2:2789928/1‑150 (MQ=255) gcTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGt > 1:1244923/1‑150 (MQ=255) 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aGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCgg < 1:3334350/150‑1 (MQ=255) gTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCt > 2:3671450/1‑150 (MQ=255) cGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCa < 2:1084672/150‑1 (MQ=255) gTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCAc > 1:1491121/1‑150 (MQ=255) gTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCAc < 1:4374132/150‑1 (MQ=255) ccTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGc < 2:1527486/150‑1 (MQ=255) cTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCt > 1:108709/1‑150 (MQ=255) cTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCt < 2:4174325/150‑1 (MQ=255) cTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCt > 1:4232788/1‑150 (MQ=255) gTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGt > 1:3716349/1‑150 (MQ=255) tATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGttt > 1:842276/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTaa > 1:4698189/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTaa < 1:1616786/150‑1 (MQ=255) gCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAAc > 2:229688/1‑150 (MQ=255) gCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAAc > 1:5022378/1‑150 (MQ=255) cGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGt > 2:206715/1‑150 (MQ=255) gATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCACGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTc > 1:4776335/1‑150 (MQ=255) | CGGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTC > CP009273/2664630‑2664928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |