| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,781,864 | C→T | 5.3% | pseudogene (2109/2253 nt) | ygaQ → | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,781,864 | 0 | C | T | 5.3% | 621.1 / 15.6 | 189 | pseudogene (2109/2253 nt) | ygaQ | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/102); new base T (6/4); total (83/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACATTAATCACTCTCCTCATGATGGACTAGTTATAATAAATAAAGGAAACGAAGAAGTTGAAGGTACCTGGCCTAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAATAGCGTTAACATTATTATTAATAATACCCGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTA > CP009273/2781715‑2782012 | gCCTTTAGTAGTGGGGTTTCTGTTAACATTAATCAATCTCCTCATGATGGACTAGTTATAATAAATATAGGTAACGAAGAAGTTGAAGGTACCTGGCCTAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAATAGCGTTAAc < 2:3163830/150‑1 (MQ=255) ccTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACATTAATCACTCTCCTCATGATGGACTAGTTATAATAAATAAAGGAAACGAAGAAGTTGAAGGTACCTGGCCTAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAATAGCGTTAACa < 2:4652050/150‑1 (MQ=255) ccTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACATTAATCACTCTCCTCATGATGGACTAGTTATAATAAATAAAGGAAACGAAGAAGTTGAAGGTACCTGGCCTAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAATAGCGTTAACa > 2:4486007/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |