| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,809,621 | C→A | 23.8% | D60Y (GAT→TAT) | gshA ← | glutamate‑cysteine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,809,621 | 0 | C | A | 23.8% | 527.2 / 149.2 | 223 | D60Y (GAT→TAT) | gshA | glutamate‑cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/87); new base A (38/15); total (120/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TGCGATGTAGCATGGCATACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTAATGCTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGG > CP009273/2809472‑2809770 | tGCGATGTAGCATGGCATACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATc > 2:941310/1‑150 (MQ=255)tGCGATGTAGCATGGCATACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATc < 1:1142324/150‑1 (MQ=255) gATGTAGCATGGCATACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATAGTGCGCGCCGTATAACGCTGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGgt < 2:1507377/150‑1 (MQ=255) aTGTAGCATGGCATACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATAGgta < 2:1742978/150‑1 (MQ=255) ggCATACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCAt > 2:2362197/1‑150 (MQ=255) aTACTTAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTtg > 1:4317369/1‑150 (MQ=255) ttAACGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCg < 1:408371/150‑1 (MQ=255) aaCGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGTTGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTc < 1:3960833/150‑1 (MQ=255) aaCGGCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTc > 2:2558201/1‑150 (MQ=255) ggCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGt > 2:994738/1‑150 (MQ=255) ggCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGt > 1:4487880/1‑150 (MQ=255) ggCCACATCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATAGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGt > 2:1368873/1‑150 (MQ=255) acaTCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGCGCgg > 2:3831407/1‑150 (MQ=255) caTCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCCCCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGa < 2:5186396/150‑1 (MQ=255) caTCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGa < 2:2002497/150‑1 (MQ=255) tCCGCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAAc > 1:2683520/1‑150 (MQ=255) ccGCTCATCGCCCATAGTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAAcc < 1:4023205/150‑1 (MQ=255) gCTCATCGCCCATATTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTa < 2:4580422/150‑1 (MQ=255) 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atatTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATAGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTAATGCTTCAGGa > 2:1045351/1‑150 (MQ=255) tatTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTAATGCTTCAGGAt < 1:2229140/150‑1 (MQ=255) tatTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTAATGCTTCAGGAt < 2:3997774/150‑1 (MQ=255) tatTGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTAATGCTTCAGGAt > 2:2763043/1‑150 (MQ=255) tGCGCGCCGTATAACGATGCAGATCGCGCATAAAGGTCAGCATATGTTCAATATCACCATCCACTGGTGTAATGAATTCCAGCAATGCTTCCGCAAAATCGGTAGTAATCCATTTGTGCGTCAGTGCGGAACCTAATGCTTCAGGATGAc < 2:3068652/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |