| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,853,682 | G→A | 6.2% | M188I (ATG→ATA) | pphB → | serine/threonine‑specific protein phosphatase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,853,682 | 0 | G | A | 6.2% | 621.8 / 20.7 | 192 | M188I (ATG→ATA) | pphB | serine/threonine‑specific protein phosphatase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/79); new base A (5/7); total (106/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CACATGCAGATTATCCGGGGAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTGATAACATTCAGACGTTCGCTAACCAGATTTATATTGATACCGGATCGCCGAACAGCGGGCGGCTGTCATTTTATAAAATAAAGTAGTCTCATGCTTCTTCTGTGAAGCATGAGTAACCCGGTGTTATTGCAGGCCATTATTC > CP009273/2853534‑2853831 | aTGCAGATTATCCGGGGAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGt > 1:3624497/1‑150 (MQ=255) cAGATTATCCGGGGAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTg > 1:4523249/1‑150 (MQ=255) gATTATCCGGGGAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTGAt > 2:874179/1‑150 (MQ=255) aTTATCCGGGGAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTGATa > 2:3188769/1‑150 (MQ=255) gggAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTGATAACATTCAg > 2:482457/1‑150 (MQ=255) gggAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTAAATGGCGAGTTACAACAAATACACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTGATAACATTCAg < 1:784350/150‑1 (MQ=255) ggAGTGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAATGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATGATGTTTGATAACATTCAGa > 2:2013643/1‑150 (MQ=255) tGAATATCTCTTTGGTAAAGAAATAGCGGAGAGCGAATTACTCTGGCCTGTTGATCGTGTGCAGAAATCGCTTAAGGGCGAGTTACAACAAATAAACGGCGCTGATTATTTTATATTTGGACATATAATGTTTGATAACATTCAGACGtt < 1:5033837/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |