| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,944,129 | C→T | 7.8% | E564E (GAG→GAA) | recD ← | exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,944,129 | 0 | C | T | 7.8% | 754.5 / 37.6 | 242 | E564E (GAG→GAA) | recD | exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/105); new base T (15/4); total (133/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TCCGGCAATTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAATATTGCCGTCCG > CP009273/2943980‑2944277 | gCAATTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCtctc < 1:1020727/150‑1 (MQ=255) aaTTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGTTCTcgc > 1:2507365/1‑150 (MQ=255) aaTTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTcgc > 2:370175/1‑150 (MQ=255) aTTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTcgcg > 2:265543/1‑150 (MQ=255) aTTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTcgcg < 1:4509777/150‑1 (MQ=255) tACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGtt > 2:4987078/1‑150 (MQ=255) aCGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTta < 1:3393566/150‑1 (MQ=255) aCGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTta < 1:2511274/150‑1 (MQ=255) aCGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTta > 1:1586818/1‑150 (MQ=255) cGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTtac > 2:559373/1‑150 (MQ=255) cGTTTAGTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTtac < 1:3444426/150‑1 (MQ=255) gTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTtact > 1:980265/1‑150 (MQ=255) gTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTtact > 1:3907391/1‑150 (MQ=255) tCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGgc > 1:322111/1‑150 (MQ=255) cccGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGgcg > 1:3504015/1‑150 (MQ=255) cGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGgcgtg < 2:275996/150‑1 (MQ=255) gTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGgcgtgc < 2:851962/150‑1 (MQ=255) tGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGgcgtgcg > 2:2863369/1‑150 (MQ=255) 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cgccgcCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACGTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCaa < 2:4897949/150‑1 (MQ=255) gccAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATc < 1:358853/150‑1 (MQ=255) gccAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATc > 2:2415508/1‑150 (MQ=255) aGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAAc < 1:2794454/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGTCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCAt < 1:1899541/150‑1 (MQ=255) cgccgcTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATgg < 1:1165441/150‑1 (MQ=255) ccgcTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTc < 1:3955019/150‑1 (MQ=255) ccgcTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTc > 1:2508212/1‑150 (MQ=255) cgcTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCg < 1:2182585/150‑1 (MQ=255) cgcTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCg < 1:1830990/150‑1 (MQ=255) 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cAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGAGCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTCGTTTCGTGCTCTgg > 2:3228864/1‑150 (MQ=255) aGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGTTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGc < 1:4461197/150‑1 (MQ=255) aGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGc > 1:4418605/1‑150 (MQ=255) aGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGc < 2:1666408/150‑1 (MQ=255) gACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCa > 1:1709796/1‑150 (MQ=255) ggCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGc < 2:634355/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATAAACGCCGATTGGTCGAACTCCTATCCCTGCTATTTTTGTACCGTAATCGCCCACTTATTTTCGTGATCTGGCAAGCGACTCGGtt < 2:3573276/150‑1 (MQ=255) cACCGCGGTATAAACCAGTTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGa > 2:1228060/1‑150 (MQ=255) cgcgGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGTGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACtt > 1:428775/1‑150 (MQ=255) gcgTTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTCCCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGATTGGTCGAACTCCGATCCCTGCGTTTTATGTACCGTCTTCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTa < 2:4550263/150‑1 (MQ=255) cgttataAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTGGGCTCGGCAAAAACACCGCCGCTTGGTCGAACTCCGATCCCTGCTATTTTTGTACCGTAATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTaa < 1:3873063/147‑1 (MQ=255) gTATAAACCAGTTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAata > 2:4695902/1‑150 (MQ=255) gTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCACCGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGTTTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTGGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAata < 2:4404108/150‑1 (MQ=255) ataAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAGCGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAATAtt > 1:1742855/1‑150 (MQ=255) ataAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAATAtt > 1:2574398/1‑150 (MQ=255) aGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAATATTGCCGTcc > 2:5000915/1‑150 (MQ=255) aGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAATATTGCCGTcc > 2:1596700/1‑150 (MQ=255) | TCCGGCAATTACGTTTATTCCCGTGAACTAAACAACGCCGCCAGACCACTGCGCCGCTCAGTACGAGTGGCGATTGCCGCACTTAATATGCGCTCATCGGCATACAGCGACAGACGGCGACGCGCGCGGGTCACCGCGGTATAAACCAGCTCTCGCGTTACTACCGGCGTGCGTTGGCTCGGCAAAATCAACGCCGCATGGTCGAACTCCGATCCCTGCGATTTATGTACCGTCATCGCCCACGTAGTTTCGTGCTCTGGCAAGCGACTCGGTTGCACAGACTTAATATTGCCGTCCG > CP009273/2943980‑2944277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |