Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,953,192 | C→A | 15.9% | D866Y (GAC→TAC) | recC ← | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,953,192 | 0 | C | A | 15.9% | 831.9 / 109.1 | 279 | D866Y (GAC→TAC) | recC | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (142/91); new base A (15/30); total (158/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.91e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
ATTTCACCAAAAGCGCCATACGGTAAATCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCGGGGATTTCGCTGTCTTCAGTACGGAAGTTCACCTGCAAACGCATCTGGAAAAATGCCCGCACCGGATGTGCCCAGAATCGTTGTAGCGTTTCCAGCGGCACGGTTTCCGGTAAGGTAAACGGCAGCGGCTGAACAAATTCAGAATGTG > CP009273/2953044‑2953341 | aTTTCACCAAAAGCGCCATACGGTAAATCCCCTGCCGCTCGGCAGCGGCGGAACACGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCg < 2:1197829/150‑1 (MQ=255) cACCAAAAGCGCCATACGGTAAATCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCGGGGa > 1:1565908/1‑150 (MQ=255) cAAAAGCGCCATACGGTAAATCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGACTAAATGGCTCGGTGTCGGGGAttt > 2:4071130/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |