| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,998,350 | C→A | 9.0% | E266* (GAA→TAA) | ygeV ← | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,998,350 | 0 | C | A | 9.0% | 629.7 / 22.7 | 209 | E266* (GAA→TAA) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/101); new base A (19/5); total (103/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAA > CP009273/2998201‑2998499 | aTGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTtcatc > 1:2919887/1‑150 (MQ=255) aTGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTAAATATGAGGTtaatc > 2:3356520/1‑150 (MQ=255) gATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCAACAgg > 2:2871201/1‑150 (MQ=255) aTTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTGTTTATTGACGCCAAACACCGCACACGCCCACCCAATGTTAAATAATCGGTTAATAAGGt > 1:1010009/1‑150 (MQ=255) tGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTGTTAATTTCCGCATAACACCGCACACGCCAACCAAATGTTAAAAATGCGGTTCATAAGGTGc > 1:247364/1‑150 (MQ=255) gCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCACCCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCa < 1:2071773/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAAATTCCGCAAAAAACGGCACGCGCCAACCCAATGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCa > 2:1483628/1‑150 (MQ=255) cGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTGCGCATAACACCGCACTCGCCCACCAATTGTTCAATATGCGGTTAATCAGGTGCCttt > 1:2911303/1‑150 (MQ=255) cGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCAttt < 2:212406/150‑1 (MQ=255) cGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCAttt < 2:1111854/150‑1 (MQ=255) cgacgaCTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACACGCCAACCAATTGTTCAATATTCGGTTCATCAGGTGCAATTGCTa > 2:3797809/1‑150 (MQ=255) gacgacTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTTATTTAAGCAAAAAACGGCACAAGCCAACCAAAATTTGAAAATGCGGTTCATAAGGTGCAatttgtaa > 1:30793/1‑145 (MQ=255) gacgacTTCTTGACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTAc < 1:3687284/150‑1 (MQ=255) gacTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAAAAAGGCACTCGCCAACCAATTGTTAAATATGCGGTTCATCAGGTTCATTTTCTACAGa > 2:3143400/1‑150 (MQ=255) acTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAAATTACCCAAAACACCGCACACGCCAAACAAATGTTAAATATTCGGTTCATCAGGTGCATATTCTAAAGaa > 1:1744480/1‑150 (MQ=255) cttcttTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGGCGCAAAACACCGCACACGCCAACCAAAGGTTAAAAATGAGGGTCATAAGGTGGAATTTGAACAGaaa > 2:12968/1‑150 (MQ=255) tACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTTAATTACGCAAAAAAACGCACACCCCCACCAAAAGTTAAAAATTAGGTTGAACAGGTGGATTTTCTAAAGaaaaaaagg > 1:1552856/1‑146 (MQ=255) cGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATg < 2:2036385/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTGTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATTCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAAATGGTAttc > 2:271918/1‑148 (MQ=255) ccGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGAt < 1:338650/150‑1 (MQ=255) ccGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTAATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGAt < 1:3171484/150‑1 (MQ=255) cGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTCCGCATAAAACGGCCATCGCCCAACAAATGTTCAATATTCGGTTAATAAGGTGCAGTTGCTACAGAAAAACAGGTATGCGAtt > 1:3797267/1‑150 (MQ=255) gCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTGTTTATTTCCGCATAAAACCGCACACGCCACACAAATGTTCAATATTCGGGTAAACAGGTGGAATTGCGACAGAAAAACAGGTTTGGGATTg > 1:963164/1‑150 (MQ=255) tCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGa < 1:2120973/150‑1 (MQ=255) cACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGaa < 1:3632278/150‑1 (MQ=255) ccaaccaCCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAAc < 2:2501094/150‑1 (MQ=255) ccaaccaCCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTGTTAATTGACGCAAAACACCGCACGCGCCCACCAAAAGTTCAAAATGCGGTTCATCAGGTGCATTTTATAAAGAAAAACAGGTATTCGATTGGTGtaaa > 1:1108056/1‑149 (MQ=255) caaccaCCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACg < 1:778329/150‑1 (MQ=255) aaccaCCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTCCGCATAAAACGGCAAGCGCCAACCAAATTTTAAAAATTCGGTTAAACAGGTGCATTTGCTACAGAAAAAAAGGTATTCGATTGGTGTAAAGc > 1:330315/1‑150 (MQ=255) ccaccaTAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTTCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCa > 2:5052492/1‑150 (MQ=255) tAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGGCGCATAACACGGCACGCGCCCACCAAATGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCCTTTGCGACAGAAAAACAGGTATGCGATTGGTGTAACGCCAATaaaa > 1:4620633/1‑150 (MQ=255) aCGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAaat < 2:2137604/150‑1 (MQ=255) gCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTGTTAAATGCCGCATAAAACGGCACTCGCCAACCAAATTTTAAATATGCGGGTCATCAGGTTCAATTGCGACAGAAAAAAAGGTATGCGAGTGGTGGAACCCCATTAAAaataa > 2:718753/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |