| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,017,285 | G→T | 63.7% | D871Y (GAC→TAC) | xdhD → | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,017,285 | 0 | G | T | 63.7% | 233.1 / inf | 267 | D871Y (GAC→TAC) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/48); new base T (101/69); total (150/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TCAACACGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATGACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGGTGT > CP009273/3017136‑3017433 | aaCACGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATGAc < 2:2472052/150‑1 (MQ=255) gTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGAAg > 2:2574687/1‑150 (MQ=255) gTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGAAg > 1:3865526/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |