| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,152,613 | C→A | 9.0% | P631P (CCG→CCT) | ygiQ ← | Radical SAM superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,152,613 | 0 | C | A | 9.0% | 799.3 / 44.0 | 233 | P631P (CCG→CCT) | ygiQ | Radical SAM superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/113); new base A (10/11); total (109/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ATGGTTGGCGCAGGCACTAAGCAATCGCGACGGCTGCCAATCAGATGCTTTTTGCCCATCGCTTCCAGCGCCTGGCGGATTAACGGCCAGTTTGCCGGATCGTGGTAACGCAACAACGCTTTATGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCGGTGCTTTTTCAGCCACAGCGCCA > CP009273/3152464‑3152761 | aTGGTTGGCGCAGGCACTAAGCACTCGCGCCGGCTGCCAATCAGATGCTTTTTGCCCATCGCTTCCAGCGCCGGGCGGATTAACGGCCAGTTTGCCGGATCGTGGTAACGCAACAACGCTTTATGAAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTc < 1:3582674/150‑1 (MQ=255) tGGTTGGCGCAGGCACTAAGCAATCGCGACGGCTGCCAATCAGATGCTTTTTGCCCATCGCTTCCAGCGCCTGGCGGATTAACGGCCTGTTTGCCGGATCGTGGTAACGCAACAACGCTTTATGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCg < 2:2050762/150‑1 (MQ=255) tttGGCGCCGGCCCTACCCAATCGCGACGGCTGCCAACCAGATGCTTTTGGCCCATCGCTTCCAGCGCCTGGCGGATTAACGGCCAGTTTGCCGGATGGTGTTAACGCAACACCGTTTTATGCACACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGt < 1:1414532/149‑1 (MQ=255) 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acaacGCTTTATGCAAACCACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGt > 2:3391995/1‑150 (MQ=255) caccGCTTTAGGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTGATAACCAATCTGCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAAGACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTc < 1:3210053/147‑1 (MQ=255) aacGCTTTATGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCg > 2:3173432/1‑150 (MQ=255) gCTTTATGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAgg > 1:2537888/1‑150 (MQ=255) tttATGCACACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCg < 1:3085078/150‑1 (MQ=255) tttATGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCg > 1:1708382/1‑150 (MQ=255) gCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTAGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGc < 2:4062377/150‑1 (MQ=255) cAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCg < 1:1932286/150‑1 (MQ=255) gacgCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCGGTGCt > 2:1823487/1‑150 (MQ=255) gacgCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCGGTGCt > 1:668010/1‑150 (MQ=255) 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ccTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCGGTGCTTTTTCAGCCACAgcg > 1:4483439/1‑150 (MQ=255) tCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCGGTGCTTTTTCAGCCACAGCGCCa < 2:5175076/150‑1 (MQ=255) | ATGGTTGGCGCAGGCACTAAGCAATCGCGACGGCTGCCAATCAGATGCTTTTTGCCCATCGCTTCCAGCGCCTGGCGGATTAACGGCCAGTTTGCCGGATCGTGGTAACGCAACAACGCTTTATGCAAACGACGCTGTTTGTCGCCCTTCGGTACGAAGACGTCTTCGCTCTTATAACCAATCTTCGCCAGCGGGTTTTTCCCGGTGTAATACATGGTGGTTGAGTTCGCCAGCGGCGACGGATAGAAGTTCTGCACCTGGTCGAGGCGGAAGCGGTGCTTTTTCAGCCACAGCGCCA > CP009273/3152464‑3152761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |