| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,311,918 | C→T | 19.1% | intergenic (‑270/‑78) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,311,918 | 0 | C | T | 19.1% | 595.3 / 126.8 | 261 | intergenic (‑270/‑78) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/103); new base T (25/25); total (133/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGAC > CP009273/3311770‑3312064 | tagTTTATTGCTTATCATGTGAATGTATATCCAGTTCATTTTCATTTGTTGAATTCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTACCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACt < 1:2835311/148‑1 (MQ=255)aCGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACt < 2:3904375/150‑1 (MQ=255) cGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTc > 2:3156246/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |