Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,316,300 | C→A | 5.9% | R377L (CGT→CTT) | glmM ← | phosphoglucosamine mutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,316,300 | 0 | C | A | 5.9% | 713.7 / 22.2 | 202 | R377L (CGT→CTT) | glmM | phosphoglucosamine mutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/103); new base A (5/7); total (92/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACATGACCG > CP009273/3316151‑3316449 | cTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAac > 2:4283734/1‑150 (MQ=255) tCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAacgt < 1:3807308/150‑1 (MQ=255) gCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAacgtac < 2:5129682/150‑1 (MQ=255) 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ggTGTAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATcac > 2:4856338/1‑150 (MQ=255) cgtacgtTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACATGACCg > 2:78858/1‑150 (MQ=255) | CTTCGCCTTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCCGCTACCTGCGGTGTAACGTACGTTAACCAGAATCTGCGGGAACATTTTCATGCCGCTGCAAAGGTCGTGCAGGCTCATATGGTTACGTGCCATCGCCGCCAGCACCTGCAAGCCAGCAACGATGCCGTCACCGGTAGTAGTTTTATCCAGCAGGATCACATGACCG > CP009273/3316151‑3316449 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |