Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,335,071 | A→T | 13.0% | V149V (GTA→GTT) | kdsD → | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,335,071 | 0 | A | T | 13.0% | 848.1 / 89.0 | 276 | V149V (GTA→GTT) | kdsD | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (122/116); new base T (14/22); total (137/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAAAGAAGCCTGTCCGTTAGGGCTGGCACCGACCAGCAGCACCACCGCCACGCTGGTTATGGGCGATGCCCTCGCTGTCGCGCTGTTAAAAGCACGCGGCTTTACTGCTGAAGATTTTGCGCTCTCACACCCAGGCGGCGCACTGGG > CP009273/3334922‑3335220 | gtgATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTa < 1:3980485/150‑1 (MQ=255) gtgATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTa > 1:705990/1‑150 (MQ=255) gtgATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTa < 1:275728/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |