| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,345,202 | C→A | 8.5% | D395Y (GAC→TAC) | arcB ← | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,345,202 | 0 | C | A | 8.5% | 834.4 / 44.1 | 242 | D395Y (GAC→TAC) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/111); new base A (5/16); total (115/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CTGCGGAATGCCGATACCAGAGTCTTCCACTTCAAAATGCAGCATATCGCCTTCATCGTAGCGCACGCGCACGGTAACCTGGCCTTGCTGGGTGAATTTGACGGCGTTACTGATGAGGTTCCACAGGATCTGCCGTAAACGCGTCCCGTCGGTAATGACCTGATGCGGTAATGGCAGCGTCGGCTCCAGGTTAAAGCGCAATCCTTTTTGTTGCGCCTGCAATGCGGAGAGATTTTCCAGATCGGCAAGGAAGCTGGTGAAATCAACCGGTTGATTATCAAGCTGGACCTTGCGCCGT > CP009273/3345053‑3345350 | gCGGAATGCCGATACCAGAGTCTTCCACTTCAAAATGCAGCATATCGCCTTCATCGTAGCGCACGCGCACGGTAACCTGGCCTTGCTGGGTGAATTTGACGGCGTTACTGATGAGGTTCCACAGGATCTGCCGTAAACGCGTCCCGTCgg < 2:2939152/150‑1 (MQ=255) cGGAATGCCGATACCAGAGTCTTCCACTTCAAAATGCAGCATATCGCCTTCATCGTAGCGCACGCGCACGGTAACCTGGCCTTGCTGGGTGAATTTGACGGCGTTACTGATGAGGTTCCACAGGATCTGCCGTAAACGCGTCCCGTCGGt > 2:4277495/1‑150 (MQ=255) ggAATGCCGATACCAGAGTCTTCCACTTCAAAATGCAGCATATCGCCTTCATCGTAGCGCACGCGCACGGTAACCTGGCCTTGCTGGGTGAATTTGACGGCGTTACTGATGAGGTTCCACAGGATCTGCCGTAAACGCGTCCCGTCGGTa > 1:603495/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |